В июле 1819 Михаил Леонтьевич Магницкий, член Главного правления училищ при Министерстве духовных дел и народного просвещения Российской Империи, был назначен попечителем Казанского учебного округа (до 1826) и первым делом устроил проверку в молодом тогда Казанском университете.
В представленном отчёте о ревизии Магницкий обвинял Казанский университет в растрате казённых денег и в безбожном направлении преподавания и предлагал торжественно разрушить самое здание университета, На эту его петицию Александр I наложил резолюцию: "
Зачем разрушать, когда можно исправить", после чего Магницкий, реформируя университет, фактически стал его единоличным руководителем.
При самом назначении Магницкого по его представлению были уволены 11 профессоров; затем последовали новые увольнения лиц, не подходивших в чём-либо к пропагандируемому направлению. Преподавание римского права в университете было заменено правом византийским, и в качестве источника последнего Магницким указывалась Кормчая книга. Похвалы Магницкого удостоился только физико-математический факультет. Тем не менее, его декан, М. Ф. Бартельс, также покинул университет, а на его место назначили 28-летнего Лобачевского.
В 1823 году была устроена особая «кафедра конституций», английской, французской и польской, «с обличительной целью». Профессора всех факультетов и кафедр, не исключая и медицинских, были обязаны проповедовать преимущество святого Писания над наукой, политическую экономию предлагалось преподавать по Библии. Самая жизнь студентов была подчинена в Казани строжайшим правилам монастырской дисциплины и наполнена упражнениями в благочестии. При таком порядке внутри университета водворились доносы и интриги.
В 1824 году на факультете медицины Казанского университета произошел погром. Туда ворвался архиепископ Казанский Амвросий и Магницкий. Все препараты анатомической коллекции были сброшены в специально заготовленные гробы, вывезены и под колокольное пение похоронены на специальном кладбище.
При этом даже отрицательно настроенные к Магницкому исследователи и современники отмечали, что он вынашивал план создания Института восточных языков, снаряжал экспедиции по различным отраслям наук, отправлял ученых на обучение в Европу, произвел перестройку зданий университета, библиотеки, обсерватории.
